Deteksi Mutasi Daerah RRDR Gen rpoB Pada Isolat DNA Sputum Pasien Multidrug Resistant Mycobacterium Tuberculosis (MDR-TB) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP).

Gratis

1
6
46
2 years ago
Preview
Full text

KATA PENGANTAR

  Puji syukur penulis panjatkan kehadapan Tuhan Yang Maha Esa, Ida SangHyang Widhi Wasa, karena berkat rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “DETEKSI MUTASI DAERAH RRDR GEN rpoB PADA ISOLAT DNA SPUTUM PASIEN MULTIDRUG RESISTANTMycobacterium tuberculosis (MDR-TB) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION FRAGMENT LENGTHPOLYMORPHISM (PCR-RFLP)” tepat pada waktunya. Untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang bersifatmembangun dari berbagai pihak demi karya yang lebih baik di masa yang akan datang.

DAFTAR SINGKATAN

A : AdenineACP : acyl carrier proteinBSA : bovine serum albuminBSC : biological safety cabinetBTA : Basil tahan asamC : CytosineDNA : Deoxyribose nucleic acidDST : Drug susceptibility testing dATP : deoksiadenosin trifosfatdCTP : deoksisitidin trifosfat dGTP : deoksiguanosin trifosfatdNTPs : Deoxynucleotide triphospates dTTP : deoksitimidin trifosfatdsDNA : Double stranded deoxyribose nucleic acidEDTA : Ethylene diamine tetraacetic acidFI : Fidelity index MDR-TB : Multidrug Resistant-TuberculosisMIC : Minimum inhibitory concentration mRNA : Messenger ribonucleic acid Mtb : Mycobacterium tuberculosis OAT : Obat antituberkulosisPb : pasang basaPCR : Polymerase Chain ReactionPCR-SSCP : Polymerase Chain Reaction PCR-RFLP: Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism RIF : RifampisinRNA : Ribonucleic acidRRDR : Rifampicin Resistant Determinant RegioRT-PCR : Real Time-Polymerase Chain Reaction ssDNA : Single stranded deoxyribose nucleic acidT : ThymineTB : Tuberkulosis

DAFTAR ISTILAH

  Penelitian ini merupakanpenelitian eksploratif laboratoris yang bertujuan untuk mendeteksi mutasi daerahRRDR dari isolat DNA sputum pasien MDR-TB dengan metode PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi yang sesuai. Beradasarkan elektroforegram hasil digesti, mutasi pada kodon 510 ditemukan pada isolat 134, sedangkan pada isolat P10, P11, dan P16 tidakditemukan adanya mutasi pada kodon 510 maupun 511.

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

  Penggunaan metode molekuler dapat mempercepat penegakan diagnosis MDR- Pemanfaatan metode molekuler untuk deteksi mutasi pada kasus resistensiOAT masih terkendala pada beberapa hal, seperti sensitivitas rendah pada PCR-SSCP (del Valle et al., 2001), penggunaan teknik serta alat yang khusus, dan diperlukannya personel yang terlatih pada RT-PCR, PCR-DNA Sequencing, dan microarray (Marin et al., 2004; Yam et al., 2004; Yao et al., 2010). Berdasarkan latar belakang diatas, maka dalam penelitian ini dilakukan penentuan enzim restriksi yang sesuai untuk deteksi mutasi daerah RRDR gen rpoB Mtb serta dilakukan deteksi mutasi pada daerah RRDR dari isolat DNA MDR-TB di Bali dengan metode PCR-RFLP pada kondisi PCR dan penggunaan primer yang telah dioptimasi dari penelitian sebelumnya.

1.2 Rumusan Masalah

  Untuk mengetahui ada tidaknya mutasi pada daerah RRDR gen rpoB Mtb dari isolat DNA MDR-TB yang diidentifikasi dengan metode PCR- RFLP. 1.4 Manfaat Penelitian 1.4.1 Manfaat Keilmuan Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai titik mutasi pada daerah RRDR gen rpoB Mtb yang dapat dideteksi dengan metodePCR-RFLP serta enzim restriksi yang sesuai untuk deteksi mutasi tersebut menggunakan spesimen sputum pasien MDR-TB.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Mycobacterium tuberculosis

  Karakteristik dari bakteri dalam genus tersebut adalah struktur dinding sel yang kaya akan kandungan lipid sehingga membentuk barrier yang hidrofobikdan memiliki permeabilitas rendah serta menyediakan proteksi terhadap agen antimikroba (Chan et al., 2006). Beberapa efek yang potensial terjadi padapengobatan MDR TB yaitu pasien mendapatkan pengobatan yang tidak adekuat dalam waktu lama, peningkatan resiko kegagalan pengobatan atau kematian,seleksi terhadap strain yang resisten terhadap OAT, pasien tetap terinfeksi, dan meningkatkan penyebaran penyakit (Tessema, et al., 2012).

2.3 Resistensi RIF

  Dari empat subunit RNA polimerase, subunit yang mengkode gen rpoB merupakan yang paling penting karena dengan terjadinya Tabel 2.2 Frekuensi mutasi pada kodon di daerah RRDR aNo. Penelitian yang dilakukan terhadap isolat MDR-TB di Bali menunjukan adanya mutasi gen rpoB pada kodon 418, 510, 516, 526, dan 531 (Pradnyaniti,2013; Rusyanthini, 2013; Wijaya, 2013).

2.4.1 Point mutation

  Misalnya pada asam amino valin yang dikode oleh Gambar 2.1 Contoh missense mutation (Richards dan Hawley, 2011) Nonsense mutation menyebabkan terjadinya terminasi lebih awal pada proses translasi sehingga protein yang dihasilkan terpotong dengan sekuen asam amino yang tidak lengkap (truncated protein) dan bersifat inaktif. Perubahan reading frame akan menyebabkan terbentuknya sekuen asam amino yang berbeda dari sekuen asam amino yang seharusnya dihasilkan, sehingga terbentuk protein baru yang lebih panjang atau lebih pendek dari proteinyang seharusnya dihasilkan (Chatterjea dan Shinde, 2012; Richards dan Hawley,2011).

2.5 Enzim Restriksi

  Setiap produsen enzim restriksi um umumnya telah menentukan kondisi si optimal digesti masing-masing enzim rest restriksi sehinggadalam pembelian enz nzim restriksi akan disertai dengan larutan buf buffer yang sesuai untuk aktivitas enzim im tersebut dan informasi aktivitas enzim pa pada buffer yangdisediakan. Tabel 2.3 Perbedaan tipe enzim restriksi (Stenesh, 1998) Enzim restriksi Tipe I Tipe II Tipe III Situs pemotongan 1-10 kpb dari situs Dalam situs 24-26 pb dari situs pengenalan pengenalan pengenalanSubunit Multisubunit Subunit tunggal Multisubunit Gambar 2.5 Pemotongan enzim restriksi tipe II pada untai DNA (Clark dan Pazdernik, 2015)Enzim restriksi tipe II dapat memotong untai DNA dengan dengan menghasilkan dua tipe fragmen, yaitu blunt end dan sticky end.

2.6 Pemilihan Enzim Restriksi

  Menurut Gerstein (2001), beberapa kriteria yang perlu dipertimbangkan dalam pemilihan enzim retriksi adalah titik pemotongan yang dikehendaki padaDNA, star activity, sensitivitas terhadap metilasi, dan kemampuan enzim restriksi memotong jenis sampel DNA yang digunakan. Titik pemotongan yang dikehendaki pada DNA merupakan pertimbangan utama dalam pemilihan enzim restriksi karena setiap enzim restriksi memilikisitus restriksi yang spesifik.

2.7 PCR

  Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutannukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs(Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl 2 ) dan enzim DNA polimerase (Handoyo dan Rudiretna, 2001). Apabila terjadi mutasi pada DNA dan mutasi tersebut menyebabkan adanya perubahan situs pengenalan enzim restriksi, maka deteksi mutasi dapat dilakukandengan metode ini menggunakan enzim restriksi yang sesuai.

2.9 Elektroforesis

  Molekul DNA untai ganda linier, yang diletakkan pada salah satu ujung gel, bergerak melalui matriks gel pada kecepatan yang berbanding terbalik terhadap Fragmen DNA linier dengan panjang tertentu bermigrasi dengan kecepatan yang berbeda pada gel yang mengandung konsentrasi agarosa berbeda pada gelyang mengandung konsentrasi agarosa berbeda (Sudjadi, 2008). Konsentrasi agarosa diatas 2% mungkin digunakan untuk pemisahan fragmen DNA dengan ukuran lebih kecil dari 100 pb, namun pada konsentrasi tersebut umumnya agarosa akan sulit untuk larut, dituang, serta memadat karena tingginya viskositas agarosa (Pelt-Verkuil et al., 2008; Bhowmik dan Bose, 2011).

Dokumen baru

Tags

Dokumen yang terkait

Keanekaragaman Makrofauna Tanah Daerah Pertanian Apel Semi Organik dan Pertanian Apel Non Organik Kecamatan Bumiaji Kota Batu sebagai Bahan Ajar Biologi SMA
24
217
36
FREKUENSI KEMUNCULAN TOKOH KARAKTER ANTAGONIS DAN PROTAGONIS PADA SINETRON (Analisis Isi Pada Sinetron Munajah Cinta di RCTI dan Sinetron Cinta Fitri di SCTV)
27
211
2
PENILAIAN MASYARAKAT TENTANG FILM LASKAR PELANGI Studi Pada Penonton Film Laskar Pelangi Di Studio 21 Malang Town Squere
17
151
2
APRESIASI IBU RUMAH TANGGA TERHADAP TAYANGAN CERIWIS DI TRANS TV (Studi Pada Ibu Rumah Tangga RW 6 Kelurahan Lemah Putro Sidoarjo)
8
115
2
MOTIF MAHASISWA BANYUMASAN MENYAKSIKAN TAYANGAN POJOK KAMPUNG DI JAWA POS TELEVISI (JTV)Studi Pada Anggota Paguyuban Mahasiswa Banyumasan di Malang
20
178
2
FENOMENA INDUSTRI JASA (JASA SEKS) TERHADAP PERUBAHAN PERILAKU SOSIAL ( Study Pada Masyarakat Gang Dolly Surabaya)
63
366
2
PEMAKNAAN MAHASISWA TENTANG DAKWAH USTADZ FELIX SIAUW MELALUI TWITTER ( Studi Resepsi Pada Mahasiswa Jurusan Tarbiyah Universitas Muhammadiyah Malang Angkatan 2011)
59
322
21
PENGARUH PENGGUNAAN BLACKBERRY MESSENGER TERHADAP PERUBAHAN PERILAKU MAHASISWA DALAM INTERAKSI SOSIAL (Studi Pada Mahasiswa Jurusan Ilmu Komunikasi Angkatan 2008 Universitas Muhammadiyah Malang)
127
496
26
PEMAKNAAN BERITA PERKEMBANGAN KOMODITI BERJANGKA PADA PROGRAM ACARA KABAR PASAR DI TV ONE (Analisis Resepsi Pada Karyawan PT Victory International Futures Malang)
18
208
45
STRATEGI PUBLIC RELATIONS DALAM MENANGANI KELUHAN PELANGGAN SPEEDY ( Studi Pada Public Relations PT Telkom Madiun)
30
264
52
Analisis Penyerapan Tenaga Kerja Pada Industri Kerajinan Tangan Di Desa Tutul Kecamatan Balung Kabupaten Jember.
7
68
65
Diskriminasi Daun Gandarusa (Justicia gendarrusa Burm.f.) Asal Surabaya, Jember dan Mojokerto Menggunakan Metode Elektroforesis
0
59
6
Docking Studies on Flavonoid Anticancer Agents with DNA Methyl Transferase Receptor
0
55
1
Efek Pemberian Ekstrak Daun Pepaya Muda (Carica papaya) Terhadap Jumlah Sel Makrofag Pada Gingiva Tikus Wistar Yang Diinduksi Porphyromonas gingivalis
10
64
5
Hubungan Antara Kompetensi Pendidik Dengan Kecerdasan Jamak Anak Usia Dini di PAUD As Shobier Kecamatan Jenggawah Kabupaten Jember
4
90
4
Show more