Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Menggunakan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Di Kota Medan

Gratis

1
38
80
2 years ago
Preview
Full text

KATA PENGANTAR

  yang selalu memberi motivasi dan dukungan dalam suka dan duka kepada penulis selama menjalani pendidikan. Nurfadly : Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, banyak kekurangan baik dari segi isi maupun susunan bahasanya.

RIWAYAT HIDUP

  Pendidikan/latihan lain : Pendidikan Ilmu Akupunktur di RSCM-FK UIJakarta, tahun 2001-2002 Nurfadly : Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Riwayat pekerjaan : 1. 42 Nurfadly : Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan DAFTAR GAMBAR Nomor Judul Halaman 1 Pita pada Marker 100 bp Ladder ................................

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Judul Halaman 1 Tabel Rencana Kegiatan Penelitian………………… 56 2 Hasil RT-PCR Sampel 1 sampai 100………………. 57 Nurfadly : Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

  Virus dengue termasuk kelompok arthropod borne virus (arbovirus), genus Flavivirus, famili Flaviviridae, dan sampai saat ini virus Dengue berdasarkan perbedaan antigennya dibagi menjadi 4 serotipe yaitu : DEN 1, DEN 2, DEN 3 dan DEN 4. Saat itu Nurfadly : Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Patogenesis demam berdarah dengue dan sindrom syok dengue hingga kini masih belum diketahui pasti, teori yang banyak dianut adalah secondary heterologous infection hyphotesis Halstead (1969), dimana dinyatakan bahwa pasien yang mengalami infeksi kedua kalinya dengan serotipe virus yang berbeda mempunyai resiko yang lebih besar menderita demam berdarah dengue.

1.2 Perumusan Masalah

1.3 Tujuan Penelitian

  Berdasarkan uraian latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan masalah sebagai berikut :Belum diketahuinya dan frekuensi virus DEN 1 pada nyamuk Aedes aegypti di Kota Medan. 1.3.2 Tujuan Khusus Untuk melakukan deteksi virus DEN 1 dari nyamuk Aedes aegypti secara molekuler dengan menggunakan teknik Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan mengetahui secara epidemiologi keberadaan Virus DEN 1 tersebut di Kota Medan.

1.4 Manfaat Penelitian

  Untuk mengetahui frekuensi virus DEN 1dari nyamuk Aedes aegypti di Kota Medan. Menambah informasi tentang lokasi keberadaan virus DEN 1 di Kota Medan.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Virus Dengue

  Infeksi dimulai dengan menempelnya virion pada reseptor virus yang ada di permukaan sel, ada 2 cara virus Dengue menempel pada sel yaitu virusterikat pada reseptor yang ada di permukaan sel atau melalui antibodi anti Dengue yang terikat pada sel. Setelah menempel, virus masuk ke dalam sel dengan caraendositosis dan fusi selubung virus dengan membran plasma yang diikuti pelepasan nukleokapsid ke dalam sitoplasma sel dan terjadi proses replikasi virus(Kusumawati,2005).

2.2 Peran Vektor Nyamuk terhadap Infeksi Dengue

  Adanya virus dalam tubuh nyamuk mengakibatkan perubahan perilaku yang mengarah pada peningkatan kompetensi vektor atau kemampuan nyamukmenyebarkan virus, dimana nyamuk menjadi kurang handal dalam menghisap darah, walaupun berulangkali menusukkan probosisnya namun tidak berhasilmengisap darah , sehingga nyamuk berpindah dari satu orang ke orang lain, akibatnya resiko penularan virus menjadi semakin besar (Wikipedia,2003). Nyamuk Aedes mendapat virus sewaktu menghisap darah orang yang di dalam darahnya mengandung virus atau mendapatkannya secara trans ovarial transmission, dimana sejak telur, nyamuk telah mengandung virus yang diturunkan oleh induknya (Yulfi ,2006; Depkes,2006)).

2.3 Epidemiologi

  Meningkatnya jumlah kasus serta bertambahnya wilayah yang terjangkitdisebabkan baiknya sarana transfortasi, adanya pemukiman baru, kurangnya perilaku terhadap pembersihan sarang nyamuk dan terdapatnya vektor nyamukhampir di seluruh pelosok tanah air serta adanya ke empat serotipe virus yang bersirkulasi sepanjang tahun (Litbang Depkes,2002). Penyakit DBD disebabkan oleh virus Dengue dengan serotipe DEN 1, DEN 2,DEN 3 dan DEN 4.

2.4 Manifestasi Klinis Infeksi Virus Dengue

  Manifestasi klinis infeksi virus Dengue dapat menyebabkan bermacam- macam keadaan dapat tanpa gejala,demam ringan yang tidak spesifik, demamDengue (DD), atau bentuk yang lebih berat yaitu demam berdarah Dengue (DBD) dan sindrom syok Dengue (SSD). Ruammuncul pada awal penyakit (1-2 hari) kemudian menghilang tanpa bekas dan selanjutnya timbul ruam merah halus pada hari ke 6 atau ke 7 terutama di daerahkaki, telapak kaki dan tangan.

2.5 Diagnosa

  Diagnosa klinis demam berdarah dengue ditetapkan berdasarkan penetapan derajat tingkat keparahan penderita secara klinis dengan menggunakan kriteria WHO 1997yang terbagi atas 4 tingkatan: Derajat I : ditandai dengan adanya demam mendadak , keluhan yang tidak spesifik dan satu-satunya manifestasi perdarahan adalah ujitourniquet positif. Derajat III : terdapat seluruh manifestasi DBD derajat 2 disertai kegagalan sistem sirkulasi yaitu : frekuensi nadi cepat dan lemah, tekanan nadi menurun( ≤20 mmHg) atau hipotensi, kulit teraba dingin-lembab, sianosis di sekitar mulut dan penderita gelisah.

2.6 Polymerase Chain Reaction (PCR)

  Pada proses ini deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), yang sebelumnya telah ditambahkan dalam pereaksi, menyebabkan primer yang tadinya hanya 18 sampai 24 deret basanukleotida akan memperoleh tambahan basa nukleotida yang terdapat di dNTP dan kemudian menjadi sepanjang segmen DNA yang dilipatgandakan itu. dNTP merupakan kumpulan 4 jenis basa nukleotida (A,G,C, dan T) yang terikat pada 3 gugus fosfat dan masing-masing berdiri bebas sampai enzimDNA polimerase mengkatalis pengikatannya pada primer.

2.7 Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

  Pada metode PCR biasa sumber sampel yang digunakan adalah DNA yang diekstrak dari sel atau jaringan. Dalam hal ini disintesis cDNA dari perpasangan antara gugus basa U dan A serta G dan C.

BAB II I METODE PENELITIAN

  3.3 Bahan dan Cara Kerja Bahan penelitian adalah nyamuk Aedes aegypti betina dari rumah penduduk di wilayah endemis DBD di Medan, Sumatera utara, yaitu: Medan Helvetia, MedanSelayang, Medan Sunggal, Medan Baru dan Medan Amplas. Nyamuk ditangkap dari habitat istirahat di dalam rumah, terutama di tempat-tempat lembab dan gelapserta pakaian yang tergantung pada pagi hari pukul 07.00-11.00 wib dan sore hari pukul 16.00-18.00 wib.

9. Biosafety cabinet class II merk Esco class II type A

  Pipet tips dan mikropipet 12. Kulkas dan Freezer merk Sanyo 18.

3.3.1 Kerangka Kerja

  Adapun cara melakukan ekstraksi RNA virus Dengue dari nyamuk Aedes aegypti adalah sebagai berikut: Seekor nyamuk dengan menggunakan pinset steril di masukkan ke dalam tabung eppendorf yang berisi 300 µl medium virus (DMEM + FBS), nyamuk kemudiandigerus dengan menggunakan penggerus steril. Setelah column dikeluarkan dari mesin sentrifus, buang kembali collection tube yang mengandung filtrat dan column dimasukkan ke dalam collection tube baru , o tutupnya dibuka dan diinkubasi dalam 56 C selama 3 menit.

3.3.3 Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

  Pertama-tama dipersiapkan Master mix yang dibuat dengan mencampurkan 25µl 2x reaksi mix (bufer yang terdiri dari 0.4 mM dNTP dan 3.2 mM MgSO 4 ) dengan 20 µl larutan yang berisi campuran dari 1 µl dari 10 µM primer DEN1, 2 µl superscript III RT, 4 µl MgSO 4 dan aquades (Eva Haris et al,1998). Kontrol positif adalah hasil amplifikasi PCR yang berisi master mix yang dicampur RNA virus DEN 1 dankontrol negatif adalah hasil amplifikasi PCR yang berisis master mix yang dicampur nucleus free water.

3.3.5 Visualisasi

  Setelah dielektoforesis, gel agarosa dimasukkan ke dalam alat gel imaging untuk melihat hasil amplifikasi RNA virus Dengue yang dilakukan dengan teknikRT-PCR. Pita molekul yang terlihat pada gel agarosa menandakan adanya segmen DNA, kemudian pita DNA tersebut dibandingkan dengan pita yang ada pada kontrolpositif dan marker.

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

  Marker 100 bp DNA Ladder Hasil RT-PCR virus Dengue DEN 1 yang didapat dari 100 ekor nyamuk yang dikumpulkan dari kecamatan Medan Helvetia, kecamatan Medan Amplas, kecamatanMedan Selayang, kecamatan Medan Baru dan kecamatan Medan Sunggal adalah sebagai berikut: 500 bp 482 bp Gambar 3. Sampel 24 : - Sampel 21 sampai 30 didapat dari nyamuk yang berasal kecamatan MedanAmplas dan hasil RT-PCR menunjukkan terdapat virus DEN 1 pada sampel 21,22 dan 23, sedangkan pada sampel 24 sampai 30 tidak ditemukan virus DEN 1.

4.2 Pembahasan

  Dari 20 sampel nyamuk yang berasal dari kecamatanMedan Helvetia ditemukan ada 3 sampel (15,0 %) yang mengandung virus DEN1, demikian juga dari 20 sampel nyamuk yang berasal dari kecamatan Medan Amplas ada 3 sampel yang mengandung virus DEN 1. Hasil penelitian ini berbeda dari hasil penelitian yang dilakukan oleh Depkes tahun 2003-2005, dimana pada penelitian tersebut hanya ditemukan virus DEN 2,DEN 3, dan DEN 4, dengan dominasi virus DEN 2, tetapi tidak ditemukan adanya virus DEN 1 di Sumatera Utara.

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

  Hasil dari 100 ekor nyamuk yang dikumpulkan dari 5 kecamatan endemisDBD di Medan Sumatera Utara yaitu Medan Helvetia, Medan Amplas,Medan selayang, Medan Baru dan Medan Sunggal, setelah diekstraksi dan di RT-PCR ditemukan 6 sampel ( 6%) yang positif mengandung DEN 1. 5.2 Saran Agar didapatkan secara lengkap pola distribusi serotipe virus Dengue diMedan Sumatera Utara, perlu dilakukan penelitian untuk mendeteksi serotipe virus Dengue yang lain (DEN 2, DEN 3 dan DEN 4).

DAFTAR PUSTAKA

  Profil Serologis Infeksi Primer dan Sekunder Virus Dengue dariBerbagai Daerah di Jawa Timur. September Oktober November DesemberNo Kegiatan I II III IV I II III IV I II III IV I II III IVPengumpulan 1 NyamukEkstraksi 2 3 RT-PCR dengan menggunakanPrimer DEN 1 4 Elektroforesis danVisualisasi Hasil RT-PCR Sampel 1 sampai 100 No.

Dokumen baru

Dokumen yang terkait

Analisis Keberadaan Tempat Perindukan Nyamuk Aedes Aegypti Pada Kasus Demam Berdarah Dengue Di Puskesmas Bangkinang Kecamatan Bangkinang Kabupaten Kampar Tahun 2006
0
35
103
Deteksi Dan Penentuan Virus Gengue Serotpe 1 Dari Serum Penderita Demam Dengue/Demam Berdarah Dengue Di Rumah Sakit Kota Medan Menggunakan Reverse Transcriptase Polymerase Shain Reaction
0
43
61
Deteksi Dan Penentuan Virus Dengue Serotipe 3 Dari Serum Penderita Demam Dengue/Demam Berdarah Dengue Di Rumah Sakit Kota Medan Menggunakan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
1
39
65
Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 1 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Menggunakan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Di Kota Medan
1
38
80
Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe 4 Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Menggunakan Metode Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr) Di Kota Medan
2
68
68
Frekuensi Virus Dengue Serotipe 4 Dari Serum Penderita DD / BBD Di Rumah Sakit Kota Medan Menggunakan RT-PCR
1
57
73
Deteksi Dan Penentuan Serotipe Virus Dengue Tipe-3 (Den-3) Dari Nyamuk Aedes Aegypti Dengan Menggunakan Reverse Transcriptase- PCR (RT-PCR) Di Kota Medan
1
52
82
DETEKSI Sugarcane Mosaic Virus PADA TEBU (Saccharum officinarum L.) MENGGUNAKAN METODE Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction
3
17
56
Deteksi DNA Babi dan DNA Sapi dengan Menggunakan Metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
1
8
66
Hubungan Perilaku Pemberantasan Sarang Nyamuk (PSN) Demam Berdarah Dengue (DBD) dengan Tingkat Densitas Telur Nyamuk Aedes Aegypti Pada Ovitrap Di RW 01 Kelurahan Pamulang Barat Tahun 2015
3
20
116
Deteksi Mutasi Gen Gyrase A Porphyromonas Gingivalis Resisten terhadap Ciprofloxacin berdasarkan teknik Polymerase Chain Reaction Detection of Gyrase A Mutation of Porphyromonas Gingivalis gene resistant to Ciprofloxacin by using Polymerase Chain Reaction
0
0
10
Technique of Overlap Extension by Polymerase Chain Reaction for Splicing Cauliflower Mosaic Virus (CaMV) 35S Promoter and DhPEX11-Like
0
0
6
Analisis Struktur Protein Selubung Virus Dengue Serotipe 3 Pada Genotipe Yang Sama Dengan Clade Berbeda
0
0
8
Teknik Long Polymerase Chain Reaction (LPCR) Untuk Perbanyakan Kerangka Baca Terbuka Gen Pengkode Polimerase Virus Hepatitis B
0
0
8
Keywords: Dengue infections, serotyping, RT-PCR Pendahuluan - Deteksi dan Serotiping Virus Dengue dan Serum Penderita Demam Dengue di Medan Menggunakan Reverse Transkriptase PCR
0
0
12
Show more