Analisis Cemaran Daging Babi Pada Kornet Sapi di Wilayah Ciputat dengan Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

Gratis

2
12
72
2 years ago
Preview
Full text

ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA KORNET SAPI DI WILAYAH CIPUTAT DENGAN MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION

  NIP: 195601061985101001 iii LEMBAR PENGESAHAN SKRIPSI Skripsi dengan judul:ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA KORNET SAPI DI WILAYAH CIPUTAT DENGAN MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)Telah disetujui, diperiksa dan dipertahankan di hadapan tim penguji oleh: YOPI MULYANA NIM: 106102003439 Menyetujui,Pembimbing 1. Mengetahui, Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Tanggal lulus: 14 Desember 2010 Prof.

MENGGUNAKAN METODE POLYMERASECHAIN REACTION (PCR)

  NIP: 195601061985101001 iii LEMBAR PENGESAHAN SKRIPSI Skripsi dengan judul:ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA KORNET SAPI DI WILAYAH CIPUTAT DENGAN MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)Telah disetujui, diperiksa dan dipertahankan di hadapan tim penguji oleh: YOPI MULYANA NIM: 106102003439 Menyetujui,Pembimbing 1. Mengetahui, Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Tanggal lulus: 14 Desember 2010 Prof.

LEMBAR PERNYATAAN

ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA KORNET SAPI DI WILAYAH CIPUTAT DENGAN MENGGUNAKAN METODEPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

  PCR dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi menghasilkan amplikon denganukuran 271 bp dan dengan menggunakan primer spesifik DNA babi menghasilkan amplikon dengan ukuran 227 bp. Semua sampel kornet sapi yang diuji dengan metode PCR dapat teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi, sedangkandengan menggunakan primer spesifik DNA babi dapat teramplifikasi satu sampel kornet.

KATA PENGANTAR

  Hasil elektroforesis produk PCR menggunakan primer spesifik DNA sapi dan primer spesifik DNA babi pada daging segar ........... Hasil elektroforesis produk PCR dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi pada campuran daging babi dan daging sapi ......

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

  Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi terdapat tidaknya kandungan daging babi dalam produk kornet yang dijual di wilayah Ciputatmenggunakan teknik PCR dengan primer spesifik DNA yang didasarkan pada informasi DNA mitokondria. Dengan menggunakan primer spesifikDNA, DNA yang diisolasi dari sampel kornet akan diamplifikasi secara in 4 vitro dengan menggunakan mesin PCR, hasil amplifikasi diidentifikasi dengan menggunakan elektroforesis gel, sehingga akan terlihat pita DNA sesuai dengan ukuran panjang DNA yang diamplifikasi.

3. Mendeteksi adanya kandungan daging babi dalam kornet yang dijual di wilayah Ciputat dengan menggunakan teknik PCR

1.4 Manfaat Penelitian

Manfaat dari penelitian ini adalah untuk memberikan informasi kepada masyarakat tentang keamanan dan kehalalan produk makanan yangberedar di Ciputat, khususnya produk olahan daging, dalam hal ini adalah 5kornet, sehingga masyarakat lebih berhati-hati dan bijaksana dalam mengkonsumsi produk olahan daging. 6

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Sel Sel merupakan unit terkecil dari makhluk hidup, dalam arti bahwa sel

  Sel prokariotikpada umumnya memiliki ukuran yang lebih kecil dengan struktur sederhana, sedangkan sel eukariotik memiliki ukuran yang lebih besar dan strukturnyalebih kompleks. Sel eukariotik dan sel prokariotik ( Raven, et al., 2005) Perbedaan utama antara sel prokariotik dan sel eukariotik adalah terletak pada lokasi materi genetiknya (DNA).

2.2. DNA

2.2.1. Pengertian DNA

  Nukleotida-nukleotida terikat menjadi satu yang dihubungkan oleh gugus fosfat dengan residu deoksiribosa pada atom karbon 5’dengan nukleotida berikutnya pada atom karbon 3’ yang membentuk rantai-rantai polipeptida (Brown dan Todd, 1952). Struktur DNA (http://www.websters-online-dictionary.org)DNA terdiri dari basa purin (adenosin dan guanin) dan pirimidin (timin dan sitosin), jumlah adenosin sama dengan jumlah timin, 8sedangkan jumlah guanin sama dengan jumlah sitosin (Chargaff, 1951).

2.2.2. Ekstraksi dan Purifikasi DNA

  Ekstraksi DNA dari organisme eukariotdilakukan dengan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell wall), penghilangan protein dan RNA (cell digestion), pengendapan 9DNA (precipitation of DNA) dan pemanenan. Secara umum, kualitas DNA dapat ditentukan oleh keberadaan kontaminasi RNA, protein, lipid, dan konstituen sel lainnya yangberhubungan dengan enzim restriksi, ligase, dan DNA polimerase termostabil.

2.3. Metode PCR

  Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode untuk mengamplifikasi primer dari urutan DNA secara spesifik dengan menggunakan media enzimatik (Kolmodin dan Birch, 2002) dan sangatmudah terkontaminasi baik dari luar mesin PCR ataupun dari bahan amplifikasi sebelumnya (McDonagh, 2003). Kualitas dan spesifitasamplifikasi dengan menggunakan PCR bergantung pada kondisi amplifikasinya yaitu (1) program siklus amplifikasi (suhu, primer,nukleotida, polymerase, konsentrasi magnesium, waktu dan jumlah siklus),(2) komposisi dari bahan yang akan diamplifikasi, dan (3) jumlah serta sifat 11alamiah target DNA sampel (untai tunggal/single stranded atau untai ganda/double stranded) (Committee on DNA Technology in ForensicScience, 2002).

5. Buffer

  Tris-Cl disesuaikan pada pH antara 8,3 hingga 8,8 pada suhu ruang, yang dimasukan ke dalam standar PCR pada konsentrasi 10 mM.ketika diinkubasi pada suhu 72 C (suhu yang biasa digunakan untuk fase ekstensi PCR), pH campuran turun menghasilkan buffer dengan pH ∼7,2. Template DNA Template DNA mengandung urutan target yang akan ditambahkan pada PCR dalam bentuk single strand atau double strand.

2.4. Primer spesifik DNA

  Dua dari tiga puluh tiga produk makanan yang berlabel halal di SaudiArabia dideteksi oleh Abdullah (2008) dengan menggunakan primer spesifik DNA babi dan terbukti mengandung cemaran daging babi. Untukmemastikan efektifitas dan spesifisitas, pengujian dilakukan terhadap 55 sampel DNA dari darah babi yang berasal dari peternakan yang berbeda danmenunjukan hasil yang positif.

2.5. Desain primer DNA

  Tujuan dari desain primer adalah spesifitas yang dihasilkan hanya ketika masing-masing bagian pasang menempel dengan stabil pada targeturutan dalam template DNA (Sambrook dan Russel, 2001). Mulhardt (2007) dalam bukunya Molecular Biology and Genomics, The Experimenter Series menyatakan bahwa ada beberapa persamaan yang dapat digunakan untuk memperkirakan Tm, dengan menggunakan varian yang sederhana, Tm dari komponen GC primer dapat diperkirakan denganmenggunakan persamaan berikut: Tm = 4×(nomor G atau C)+2×(nomor A atau T) persamaan ini hanya dapat digunakan untuk primer yang pendek denganpanjang sekitar 20 basa.

2.6. DNA Mitokondria

  Lockley dan Bardsley (2000) dalam Kumari (2007) menyatakan bahwa hewan memiliki DNA mitokondria berbentuk sirkular dengan ukurankecil (15-20 kb), terdiri dari 37 gen yang menyandi tRNAs, 2 rRNAs, dan 13 mRNAs. DNA mitokondria hewan secara umum memiliki jumlah dan jenis gen yang sama, yaitu 13 daerah yang mengkode protein (URF1, URF2, URF3,URF4, URF5, URF6, URFA6L, URF4L, Cytochrome Oxidase unit I, Cytochrome Oxidase unit II, Cytochrome Oxidase unit III, Cytochrome b dan ATPase 6); 2 gen pengkode rRNA yaitu 12S rRNA dan 16S rRNA; 22 gen pengkode tRNA (Solihin, 1994).

2.7. Elektroforesis gel

  Agarosa dilarutkan dalam buffer dengan pemanasan hingga terlarut, kemudian dimasukan ke dalam wadah cetakan gel yang telah tersedia sisiruntuk meletakan sampel, dalam waktu yang tidak lama, agarosa akan mengeras, dan gel yang terbentuk ditempatkan dalam wadah laju migrasi(flow-migration chamber), buffer elektroforesis ditambahkan hingga gel terendam oleh larutan buffer. Pergerakan relatif dari ketiga bentuk utamanya bergantung pada konsentrasi dan tipe agarosa yang digunakan, selain itu dipengaruhi jugaoleh kekuatan arus listrik yang digunakan, kekuatan buffer ionik dan bentuk superhelical dari DNA bentuk I.

BAB II I KERANGKA KONSEP Daging kornet sapi Cek dengan PCR

PCR dengan menggunakan elektroforesisSet primer spesifik Gel Documentation Apakah mengandung DNA babi?? Cek pada daging kornet 24

BAB IV METODOLOGI PENELITIAN 4.1. Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Teknologi Gen, Balai Pengkajian Bioteknologi-BPPT Serpong, Tangerang. Waktu pelaksanaan dari bulan Juni 2010 hingga Oktober 2010

4.2. Alat dan Bahan 1

Alat Alat yang digunakan adalah mortar, pestle, pipet mikro 0,1- 2 μl, 2-20 μl, 20-200 μl, 100-1000 μl [Finnpipette, BIO-RAD, freezer -20° C [Angelantoni Scientifica], lemari pendingin 4° C [Glacio-TOSHIBA], mesin PCR [TaKaRa & BIO-RAD], thermostat & shaking bath [Heto], tabung sentrifugasi 15 ml [Iwaki, Corning, FALCON, BIOLOGIX], tabung mikrosentrifugasi1,5 ml [Sorenson], tabung mikrosentrifugasi 200 μl [Axygen], raktabung, mesin sentrifugasi [Beckman J2-HS & Tomy], timbangan[Mettler], ice maker [HOSHIZAKI], vorteks [Heidolph], magnetic stirrer [Heidolph MR3001], inkubator [memmert], microwave [National], heat block [Thermolyne], spatula, gunting, elektroforesis tray [Bio-rad], chamber elektroforesis [Mupid2], comb, gel documentation, dan spektrofotometer Nano Drop ND- 1000. Alat gelas yang digunakan adalah gelas ukur, labuErlenmeyer (100 ml & 250 ml), gelas Beaker (600 ml & 1000 ml), 25dan tabung penyimpanan bahan (50 ml, 100 ml, 250 ml & 500 ml) [Schott-DURAN].

4.2.2. Bahan

  Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah daging babi, daging sapi dan produk kornet sapi yang dijual di wilayahCiputat. Pengumpulan sampel Sampel kornet sapi dikumpulkan dari semua merek yang beredar di wilayah Ciputat dengan jumlah sampel sebanyak 6 merek produkkornet sapi dengan produsen yang berbeda.

4.4.2. Isolasi DNA

  Proses isolasi DNA pada daging berbeda antara isolasi DNA pada daging segar dengan isolasi DNA pada daging kornet. Hal ini 26disebabkan adanya senyawa tambahan pada daging kornet sehingga memerlukan proses optimasi.

4.4.2.1. Isolasi DNA pada daging segar

  Proses isolasi DNA pada daging segar adalah sebagai berikut:Sebanyak 500 mg daging dihaluskan, kemudian dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi 15 ml, ditambahkan 8 ml cell lysis buffer (Tris-EDTA pH 8 dan SDS 1% w/v), ditambahkan 5 µl proteinase K dan diinkubasi pada suhu 55 C selama 16-18 jam. Masing-masing sebanyak 1 gr daging kornet dari hasil perlakuan (pencucian dan pemanasan) dimasukan ke dalamtabung sentrifugasi 15 ml dan ditambahkan 8 ml cell lysis buffer (Tris-EDTA pH 8 dan SDS 1% w/v), kemudian ditambahkan 5 µl proteinase K dan diinkubasi pada suhu 55C selama 16-18 jam.

4.4.3. Pembuatan Gel Agarosa dan Elektroforesis 1. Pembuatan gel agarosa

Gel agarosa 1,2% dibuat dengan menambahkan 0,36 gr agarosa dalam 30 ml buffer TAE 1x, dipanaskan hingga larut(1 menit 20 detik) dalam microwave, Larutan agarosa didinginkan hingga suhu 40 C dan ditambah dengan sybr safe0,3 μl, dituang ke dalam tray, Agarosa didinginkan hingga membeku selama 30-45 menit.

4.4.3.2. Elektroforesis

  Gel diangkat dari cetakan dan dimasukan ke dalam chamber elektroforesis kemudian ditambahkan buffer TAE 1x sehingga gel terendam kira-kira 1 mm. Sebanyak 10 µl sampelDNA dicampur dengan 2 µl loading dye kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel.

4.4.4. Gel documentation

4.4.5. Amplifikasi PCR

  Begitu juga primer spesifik DNA babi dikatakanspesifik jika hanya mengamplifikasi DNA dari daging babi dan tidak dapat mengamplifikasi DNA dari daging sapi. Gradien konsentrasi campuran daging babi dan daging sapi No % Cemaran daging babi Bobot daging babi (mg) Bobot daging sapi (mg) Bobot total (sapi+babi) (mg) 1 0.1 2 1998 2000 2 0.5 10 1990 2000 3 1 20 1980 2000 4 2.5 50 1950 2000 5 5 100 1900 2000 6 10 200 1800 2000Hasil PCR kemudian dielektroforesis, sehingga akan terlihat konsentrasi terkecil yang masih mampu terdeteksi denganmenggunakan primer spesifik DNA babi.

BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN

5.1 Hasil

  Hasil elektroforesis isolasi genom daging babi, daging sapi dan campuran daging babi dan daging sapi M 1 2 3 4 M 1000 bp 500 bp300 bp 200 bp 271bp227bp Gambar 7. Hasil elektroforesis produk PCR dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi pada campuran daging babi dan daging sapi Gambar 11.

5.2. Pembahasan

5.2.1 Isolasi Genom

  Genom diisolasi dari sampel kornet yang berasal dari toko, pasar dan swalayan yang terdapat di wilayah Ciputat dengan jumlah 6 merekkornet, sedangkan daging babi dan daging sapi didapatkan dari pasarBogor. Genom yang mengalami fragmentasi dipengaruhi oleh banyak faktor, diantaranya adalahlamanya waktu homogenasi dengan menggunakan lysis buffer(Aljanabi et al., 1999) penggerusan dengan menggunakan mortar yang cukup kuat (Santiana, 2010), dan aktifitas DNAse yang dapatmemotong ikatan pospodiester DNA (Weir, 1993).

5.2.2 Polymerase Chain Reaction (PCR)

  Dari gambar 7 dapat terlihat bahwaprimer spesifik untuk sapi hanya dapat mengamplifikasi sekuen DNA pada spesies sapi, sedangkan tidak dapat mengamplifikasi sekuenDNA pada spesies babi, begitu juga sebaliknya, primer yang spesifik untuk babi hanya dapat mengamplifikasi sekuen DNA pada spesiesbabi dan tidak dapat mengamplifikasi sekuen DNA spesies sapi. Dengan menggunakan dagingsapi dan daging babi sebagai pembanding, terlihat bahwa adanya perbedaan ukuran yang dihasilkan oleh produk PCR dari sampel kornetdan daging sapi dibandingkan dengan produk PCR dari daging babi.

BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN

  Hasil terbaik yang didapatkan dari hasil optimasi isolasi DNA pada daging kornet yang dilakukan yaitu dengan pencucian menggunakan air. Dari enam sampel kornet sapi yang berbeda, DNAnya teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA sapi, sedangkan hanya satu 49sampel DNAnya teramplifikasi dengan menggunakan primer spesifik DNA babi.

DAFTAR PUSTAKA

  Analisa Komposisi Asam Lemak dan Sifat Farmakokimia pada Lemak Hewani (Ayam, Sapi, Babi), Program Studi Kimia Fakultas Sains dan Teknologi UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta. Identifikasi Polimorfisme dan Konstruksi Filogenetik Temulawak (Curcuma zhanthorriza roxb .) Berdasarkan Sekuen Daerah Matk dan Intergenic Spacertrns-trnfm DNA Kloroflas.

2 O 9,6 µl

  50 µl Total 57Lampiran 4. Tabel 6.

Dokumen baru

Dokumen yang terkait

Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
2
78
88
Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)
1
62
90
Analisis Cemaran Daging Babi Pada Kornet Sapi di Wilayah Ciputat dengan Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
2
12
72
Deteksi DNA Babi dan DNA Sapi dengan Menggunakan Metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
1
8
66
Analisis Cemaran Daging Babi pada Produk Bakso Sapi yang Beredar di Wilayah Ciputat Menggunakan Real- Time Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan Metode Hydrolysis Probe.
1
49
86
Amplifikasi DNA Leptospira dengan menggunakan metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
2
22
64
Analisis Kandungan Gelatin Babi dan Gelatin Sapi pada Cangkang Kapsul Keras yang Mengandung Vitamin A Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction
0
12
80
View of Simulasi dan Analisis Pengenalan Citra Daging Sapi dan Daging Babi dengan Metode GLCM
1
1
6
Akurasi Polymerase Chain Reaction (PCR) Dibandingkan dengan Uji Tuberkulin untuk Diagnosis Tuberkulosis pada Anak
0
0
5
Implementasi Metode Segmentasi dan LVQ untuk Identifikasi Citra Daging Sapi Dan Babi
0
1
10
Implementasi Segmentasi Spatial Fuzzy C-Means Pada Identifikasi Citra Daging Sapi dan Babi
1
1
9
Chain Reaction (PCR) pada Sampel Sumber Air Minum
0
0
8
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Mikosis Paru - Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
0
1
26
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang - Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
0
0
8
Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
0
0
15
Show more