Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)

Gratis

1
62
90
2 years ago
Preview
Full text

HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING

  Nama : Afifah Nurul IzzahNIM : 1110102000014Program Studi : Strata-1 FarmasiJudul : Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)Disetujui Oleh: Pembimbing 1 Pembimbing 2 Ofa Suzanti Betha, M. Si., Apt NIP: 197308222008012007 Mengetahui,Ketua Program Studi Farmasi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Drs.

DEWAN PENGUJI

  Isolat DNA dilakukan analisis dengan metode SYBR Green menggunakan oo suhu annealing 65 C untuk primer sapi dan suhu annealing 60 C untuk primer babi. Kata Kunci: Real Time Polymerase Chain Reaction, Gelatin, SYBR Green, Hydrolysis Probe ABSTRACT Name : Afifah Nurul IzzahMajor : PharmacyTitle : Comparison of SYBR Green and Hydrolysis Probe methods in Analysis of Porcine Gelatin DNA and Bovine Gelatin DNA Using Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)The wide usage of gelatin in various products led to continous controvercy among Muslim consumers because most of them are derived from porcine and bovine skin.

KATA PENGANTAR

  Segala puji dan syukur kehadirat Allah SWT yang senantiasa mencurahkan segala rahmat-Nya kepada kita semua, khususnya penulis dalam menyelesaikanskripsi yang berjudul “Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time PCR”. Selesainya penelitian dan penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, maka dalam kesempatan ini perkenankanlah penulismenyampaikan ucapan terimakasih yang tulus dan sebesar-besarnya, khususnya kepada: 1.

3. Bapak Drs.Umar Mansur, M.Sc., Apt. selaku Ketua Program Studi Farmasi

  Kedua orang tua, ayahanda tersayang Ali Mugiono dan ibunda tercinta Fahrida yang selalu ikhlas memberikan dukungan moral, material, nasehat-nasehat,serta lantunan doa yang tiada pernah putus di setiap hembusan nafas beliau hingga penulis dapat menyelesaikan studi di jurusan Farmasi FKIK UIN SyarifHidayatullah Jakarta. Bapak dan Ibu staf pengajar, serta karyawan yang telah memberikan ilmu pengetahuan, bimbingan dan bantuan selama penulis menempuh pendidikan difarmasi, FKIK UIN Jakarta 6.

7. Kak Rahmadi, Kak Liken, Kak Eris, Kak Lisna, Kak Rani, Kak Tiwi, Kak

  69 Lampiran 13 Hasil Kurva Amplifikasi dan Melting Peaks dengan Metode SYBR Green Menggunakan Primer Babi dengan Waktu Annealing 20 detik dan Waktu Extension 30 detik.................... 68 Lampiran 12 Hasil Kurva Amplifikasi dan Melting Peaks dengan Metode 67 Lampiran 11 Hasil Kurva Amplifikasi dan Melting Peaks dengan Metode Lampiran 1 Kerangka Penelitian...................................................................

DAFTAR ISTILAH

  Formasi Hairpin : Terbentuknya struktur loop/hairpin pada primer yang disebabkan oleh interaksi intramolekular yang dapatmemicu terbentuknya amplifikasi yang nonspesifik. Primer-Dimer : Berikatannya suatu primer dengan primer sejenis atau dengan primer lainnya sehingga membentuk produkamplifikasi yang nonspesifik.

BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 LATAR BELAKANG

  Namun demikian, SYBR Green sangat tergantung dari spesifisitas primer karena dapat menyebabkan terjadinya mis-priming dan primer-dimer Pada penelitian ini akan dilakukan perbandingan antara metode SYBR Green dan metode Hydrolysis Probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan menggunakan Real Time PCR. 1.4 MANFAAT PENELITIAN Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi perbandingan metode SYBR Green dan metode Hydrolysis Probe dalamanalisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi, khususnya pada produk makanan, obat-obatan, ataupun kosmetik yang mengandung gelatin.

BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Gelatin

  Pembuatan gelatin merupakan upaya untuk mendayagunakan limbah tulang yang biasanya tidak terpakai dan dibuang dirumah pemotongan hewan (Balti et al., 2010). Oleh karena itu, pada proses inikulit muda cukup direndam dengan asam klorida (HCl) encer selama beberapa hari, kemudian dinetralkan dan dicuci beberapa kali denganaquadest agar garam yang terbentuk hilang.

2.1.1 Sifat Fisika Kimia Gelatin

  Gelatin larut dalam air hangat dan o apabila didinginkan dibawah suhu 30 C, larutan koloid ini akan membetuk gel dengan sifat tiksotropik dan reversibel menjadi cair kembali apabiladipanaskan. Struktur dan Asam Amino Penyusun Kolagen dan Gelatin (Sumber: http://www.gelatin.in) Bloom (kekuatan gel) tergantung pada konsentrasi gelatin di dalam air, berat molekul gelatin, dan pH gel.

2.1.2 Struktur Kimia Gelatin

  Sebagai bahan pangan, gelatin memiliki sifat yang unik sebagai Dari data SKW biosystem, penggunaan gelatin dalam industri nonpangan sejumlah 100.000 ton, pada industri pembuatan film fotosebanyak 27.000 ton, untuk kapsul lunak sebanyak 22.600 ton, untuk produksi cangkang capsul keras sebanyak 20.200 ton, serta dalam duniafarmasi dan teknis sebanyak 12.000 ton dan 6.000 ton. Pada industri daging dan susu memiliki jumlahpenggunaan gelatin yang sama yaitu 16.000 ton dan pada makanan fungsional (food supplement) memeliki kontribusi penggunaan gelatinyang sama yaitu sebesar 4.000 ton (LPPOM MUI, 2008).

2.2. Asam Nukleat

  DNA menyimpan informasi genetik yang spesifik untuk setiap individu dan spesies tertentu, yang akan diwariskan ke generasiberikutnya (Gaffar, 2007). DNA ditemukan di dalam nukleus pada sel eukariotik, dan ditemukan di sitoplasma atau nukleoid pada sel prokariotik.

2.2.1 DNA

2.2.1.1 Struktur DNA

  Struktur DNA (Sumber: Purves et al., 2004) Untai ganda DNA saling berkomplementasi melalui basa penyusunnya dengan arah antiparalel (berlawanan 5’→ 3’ dan 3’→5’), ujung yang mengandung gugus fosfat bebas disebut ujung 5’ sedangkanpada ujung lainnya yang mengandung gugus hidroksil bebas disebut ujung 3’. Gugus fosfat dan gula yang tersusun bergantian menjadi tulang punggung (backbone) molekul DNA sementara padabagian dalam terdapat basa yang melekat pada molekul gula (Gaffar,2007).

2.2.1.2 Sifat Fisika DNA

  Untai heliks DNA dapat memisah menjadi struktur untai tunggal o dengan adanya pemanasan dengan suhu tinggi (> 90 C), peristiwa ini o mendekati suhu subdenaturasi (mendekati 60 C). DNA menyerap sinar UV pada panjang gelombang 260 nm (Yuwono, 2009).

2.2.2 DNA Mitokondria

  Jumlah copy per sel yaitu sekitar1000-10000 sehingga mtDNA dapat digunakan untuk analisis sampel dengan jumlah DNA yang sangat terbatas, atau DNA yang mudahterdegradasi, apabila analisis DNA inti tidak dapat dilakukan. Selain itu, berkembang pesatnya kebutuhan di bidang diagnostik molelular dan filogeni molekular yangmenuntut kecepatan, prosedur yang sederhana, hasil yang akurat dalam ekstraksi DNA dari berbagai jenis sampel, menciptakan pengembanganteknologi baru untuk pengektraksian DNA yang mudah dan lebih cepat dari sebelumnya.

2.4 Elektroforesis Gel Agarosa

  Sifat ini menjadikan molekul DNA yang ditempatkan pada medan listrik akan bermigrasi menuju kutub positifMobilitas fragmen DNA pada gel elektroforesis sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor (Sambrook et al., 2001), yaitu: 1. Visualisasi fragment DNA dilakukan dengan penambahan larutan etidium bromida yang akan masuk (interkalasi) di antara ikatan hidrogen padaDNA, sehingga pita fragmen DNA akan terlihat di bawah lampu UVPita DNA yang berpendar pada gel agarosa menunjukkan hasil positif bahwa terdapat DNA pada setiap lajur.

2.5 PCR

2.5.1 Pengertian PCR

  PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu metode amplifikasi DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi olehdua buah primer oligonukleotida dengan bantuan enzim polymerase, dimana potongan DNA tertentu dapat dilipat gandakan (Zyskind danBernstain, 1992). Primer yang digunakan sebagaipembatas daerah yang diamplifikasi merupakan DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA template-nya.

2.5.2 Tahapan PCR

  Menurut Sambrook et al., (2001), tahapan yang terjadi dalam proses amplifikasi DNA pada PCR yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA template, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikatalisis oleh DNA polimerase. Ini mengakibatkan PCRsangat efektif karena dapat menghasilkan DNA dalam jumlah mikrogram dari jumlah DNA awal dalam pikogram (Zyskind dan Bernstain, 1992).

2.5.3 Komponen PCR

  Primer yang digunakkan sebaiknya berukuran 20-26 pasang basa, dengan 2+ optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. 2+ Keberadaan ion ini sangat penting karena ion Mg bebas akan mengikatDNA template, primer dan membentuk kompleks terlarut dengan dNTP untuk membuat subtrat yang akan dikenali oleh enzim Taq Polymerase(Zyskind dan Bernstain, 1992).

2.6 Real-Time PCR

  Karena sifat inilah maka pertumbuhan fragment DNA hasil amplifikasi dapat diikuti secara seketika, semakin banyak DNA yangterbentuk semakin `tinggi pula intensitas fluorescent yang dihasilkan. Alat ini dapat mendeteksi secara akurat konsentrasi DNA hingga hitungan pikogram atau setara dengan sel tunggal karena sensitifitas dye yangsangat tinggi.

2.6.1. Pewarna Fluoresensi

  Probe berupa oligonukleotida yang tersusun dari sekuen spesifik dan akan berpasangan dengan sekuen DNA cetakan yang akandiamplifikasi. SYBR Green lebih sering digunakan dibandingkan Hydrolisis probe karena memiliki beberapa keunggulan, yaitu dapat digunakan untuk beberapa pengujian karena mampu bekerja pada semua jenis primer, teknik pengujian lebih sederhana karenatidak perlu merancang probe, dan harga pewarna fluoresensi yang relatif lebih rendah (Shipley, 2007).

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian

  3.1.1 Tempat Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Analisis Obat & PanganHalal; Laboratorium Penelitian 2; dan Laboratorium Biokimia/ PatologiKlinis. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 AlatReal Time PCR (Light Cycler® 480 - Roche), Multiwell Plate 96 (Roche), Sealing Foil (Roche), Mikropipet 0.5- 10 μl (Biorad), Mikropipet2- 20 μl (Biorad), Mikropipet 20-200 μl (Biorad), Mikropipet 100-1000 μl(Biorad), Micro tips volume 10 μl; 200 μl; dan 1000 μl (Genfollower),Spektrofotometri UV DNA (BioDrop), Gel Documentation (AE-6933ATTO), satu set alat Elektroforesis Agarosa (Biorad), Digital Waterbath(SB-100 Eyela), Vortex, Sentrifugator (5417R plastic wrap, alumunium foil, Microsentrifuge tube volume 1,5 ml (Biogenix), pisau steril, kaca arloji, erlenmeyer 50 ml, dan spatula. 3.2.2 Bahan Daging sapi segar, daging babi segar, gelatin sapi (Sigma Aldrich), gelatin babi (Sigma Aldrich), Tris Base (SBS Genetech), asam asetatglasial (Merck), EDTA (Merck), satu set reagen isolasi DNA meliputi Tissue Lysis Buffer; Binding Buffer; Proteinase K; Inhibitor Removal Buffer; Washing Buffer; dan Elution Buffer (Kit High Pure PCR Template 26 Preparation - Roche), Aquabidest (IKA Pharmindo), Etanol Absolut (Merck), Isopropanol (Merck), Etidium Bromida 10 mg/ml (Bio BasicInc.), Agarosa (Fermentas), loading dye (Promega), SYBR Green I Master(LC 480 - Roche), Probe Master (LC 480 - Roche), Aquadest (PCR Grade - Roche) dan Primer-probe (Alpha DNA). Tabel 3. Urutan Basa Primer dan Probe (Tanabe et al., 2007) Nama Primer Runutan BasaBabi Forward 5'-CTTGCAAATCCTAACAGGCCTG-3' Reverse 5'-CGTTTGCATGTAGATAGCGAATAAC-3' Probe 5'-(FAM)-ACAGCTTTCTCATCAGTTAC-(BHQ1)-3'Sapi Forward 5'-CCCGATTCTTCGCTTTCCAT-3' Reverse 5'-CTACGTCTGAGGAAATTCCTGTTG-3' Probe 5'-(FAM)-CATCATAGCAATTGCC-(BHQ1)-3'

3.3 Prosedur Penelitian

  Proses Ekstraksi dan Isolasi DNA (Roche , 2012 dengan modifikasi)Larutan daging sapi, daging babi, gelatin sapi dan gelatin babi yang telah dinkubasi sebelumnya selama 20 jam, masing-masing ditambahkan 200 μl larutan Binding Buffer. Isolat DNA yang didapatkan dianalisis keberadaannya dengan elektroforesis agarosa dan dianalisis konsentrasi dan kemurnian DNA dengan spektrofotmetri UV.

3.3.2 Analisis Isolat DNA

3.3.2.1 Analisis Isolat DNA dengan Elektroforesis Agarosa a

  Masing-masing campuran tersebut dipipet dan dimasukkan ke dalam well agarosa yang telah dibuat sebelumnya dengan urutan dari kiri ke kanan adalah; DNA daging sapi; DNA daging babi; DNA gelatin sapi; DNA gelatin babi. Running Sampel (Sambrook et al., 2001) Chamber elektroforesis yang telah mengandung gel agarosa, DNA, dan buffer TAE 1X kemudian ditutup rapat dan kabel chamber dihubungkan dengan power supply.

3.3.2.2 Analisis DNA Hasil Isolasi dengan Spektrofotometri UV

  Hasil instrumentasi akandidapatkan data konsentrasi DNA dalam ng/μl dan kemurnian DNA dengan perbandingan rasio A280 dan A260. (Biodrop, 2012) 3.3.3 Uji Spesifisitas Primer dan Probe dengan Database NCBI Uji spesifisitas primer dan probe dilakukan dengan melakukanBLAST melalui database NCBI.

3.3.4.1. Amplifikasi DNA dengan Metode SYBR Green

  2 Jumlah Siklus Suhu WaktuPre Incubation C 10 detik o 40 72 C 10 detik20 detik 30 detik C 5 detik1 menit o C 10 detik o 40 1 Siklus C 5 detik1 menit o C/5 97 Melting Curve Analysis C o 60 C o 95 1 Siklus 1 Siklus o master (enzim Taq DNA Polymerase, SYBR Green 1, dNTP mix, dan c C 10 menit o 95 1 Siklus Pre Incubation Tabel 4. 2 Jumlah Siklus Suhu WaktuPre Incubation C 10 detik o 40 1 Siklus C 5 detik1 menit o C/5 C 5 detik1 menit C/5 Pre Incubation C 10 detik20 detik 30 detik C/5 o 97 C o 60 C o 95 1 Siklus Melting Curve Analysis o C 5 detik1 menit 72 C o 64 C o 95 Amplification 45 siklus C 10 menit o 95 1 Siklus o 1 Siklus o C 97 C o 60 C o 95 1 Siklus Melting Curve Analysis C 10 detik20 detik 30 detik o 72 o 40 65 C o 95 Amplification 45 siklus C 10 menit o 95 1 Siklus Perc.

3.3.4.2. Amplifikasi DNA dengan Metode

  Pembuatan Hydrolysis Probe Mastermix (Roche d a. Pembuatan Primer dan Probe 10μM dari Larutan Induk 100 μM Mastermix dibuat dengan volume total 20 μL yang terdiri dari 5 μLDNA yang diuji; 1,4 μL Aquabidest; 1,6 μL primer forward 10 μM; 1,6μL primer reverse 10 μM; 0,4 μL probe 10 μM; dan 10 μL LightCycler® 480 Probe master (enzim Taq DNA Polymerase, dNTP mix, dan 6,4 mMMgCl 2 ). Loading Sampel dan Hydrolisis Probe Mastermix ke dalam Multiwell Plate (Roched , 2008)Sebanyak 5 μL DNA yang akan diuji dan 15 μL Mastermixdimasukkan ke dalam multiwell plate pada well yang diinginkan.

BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian ini dilakukan perbandingan metode SYBR Green dan

  metode Hydrolysis Probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan menggunakan Real Time PCR. Perbandingan metode SYBR Green danmetode Hydrolysis Probe dilihat melalui hasil kurva amplifikasi apakah metode tersebut dapat mengamplifikasi DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi secaraspesifik.

4.1. Hasil Analisis Isolat DNA

  Isolat DNA didapatkan dari proses ekstraksi dan isolasi DNA dengan menggunakan kit komersial High Pure PCR Template Preparation. Prinsip 2 kit ini yaitu DNA diabsorpsi oleh Silikon Dioksida (SiO ) sehingga DNA mudah dipisahkan dari protein dan sel debris hasil pelisisisan sel dengan cara b sentrifugasi (Roche , 2012).

4.1.1. Hasil Analisis Isolat DNA dengan Elektroforesis Agarosa

  Isolat DNA divisualisasi keberadaannya dengan elektroforesis gel agarosa 1% seperti gambar sebagai berikut: 36 Gambar 4.1 Hasil elektroforesis isolat DNA Melalui elektroforesis agarosa, DNA dapat tervisualisasi karena larutan Etidium Bromida yang ditambahkan ter-interkalasi dengan untaiganda DNA, sehingga pita fragmen DNA dapat terlihat di bawah lampu UV(Gaffar, 2007). Hasil pita yang smear pada gel elektroforesisdapat disebabkan tidak utuhnya DNA yang terisolasi dimana fragmen- fragmen DNA dengan ukuran yang berbeda tertahan pada gel sesuai denganukuran pasang basa DNA (Lewis, 2001).

4.1.2 Hasil Analisis Isolat DNA dengan Spektrofotometri UV

  Konsentrasi DNA yang didapatkan pada daging berkisar antara 80 ng/μl Konsentrasi isolat DNA daging yang didapatkan jauh lebih besar dibandingkan DNA gelatin. Hal ini menunjukkanbahwa kit komersial ekstraksi dan isolasi DNA yang digunakan belum mampu memisahkan DNA gelatin dari pengotor protein dengan baik.

4.2 Hasil Uji Spesifisitas Primer dan Probe dengan Database NCBI

  et al., (2007), dianalisa secara in silico dengan cara BLAST berdasarkan Gambar 4.2 Hasil uji spesifitas primer babi dengan BLAST melalui database NCBI *Keterangan: = primer forward babi; = Probe babi; = Primer reverse babi. Hasil BLAST dari database NCBI pada primer forward babi, primer reverse babi, dan probe babi menunjukkan bahwa primer Gambar 4.3 Hasil Uji Spesifitas Primer Sapi dengan BLAST Melalui Database NCBI *Keterangan: primer forward sapi; = Probe sapi; Primer reverse sapi.

4.3 Hasil Amplifikasi DNA Gelatin Sapi dan Gelatin Babi Menggunakan

  Real Time PCR Amplifikasi DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi menggunkan Real Time PCR dilakukan dengan dua metode, yaitu metode SYBR Green dan metode Hydrolysis Probe. Real Time PCR dengan Metode SYBR Green Konsentrasi DNA daging sapi; DNA daging babi; DNA gelatin sapi; dan DNA gelatin babi yang digunakan dalam proses amplifikasi masing-masing adalah 8, 59 ng/μL; 8,0 ng/μL; 19,38 ng/μL; dan 13,63 ng/μL.

a. Hasil Amplifikasi DNA Metode SYBR Green dengan Primer Sapi

  Melting Peaks Hasil Amplifikasi dengan Metode SYBR Green Menggunakan Primer Sapi Pada penelitian ini, proses amplifikasi dilakukan modifikasi suhu annealing karena terdapat perbedaan jauh nilai Tm teoritis pada primer forward sapi dan Tm pada primer reverse sapi sesuai dengan perhitungano o pada lampiran 4, yakni 60 C dan 70 C. Sedangkan menggunakan suhu annealing 60 C, 62 C, dan 64 C terjadi amplifikasi pada semua DNA baik DNA yang mengandung sapi,mengandung babi, ataupun pada NTC (No Template Control) yang tidak mengandung DNA (Lampiran 7-9).

b. Hasil Amplifikasi DNA Metode SYBR Green dengan Primer Babi

  Hasil ini sesuai dengan yangterjadi pada amplifikasi metode SYBR Green dengan primer sapi yang telah diuraikan sebelumnya, yaitu DNA gelatin yang digunakan memilikikemurnian yang rendah dan banyak yang terfragmentasi. Hasil Amplifikasi DNA Gelatin dengan Metode Hydrolysis Probe Menggunakan Primer Sapi Proses amplifikasi DNA dengan metode Hydrolysis Probe dilakukan dalam tiga tahap, yaitu tahap inisial denaturasi, tahapamplifikasi, dan tahap pendinginan.

b. Hasil Amplifikasi DNA Gelatin dengan Metode Menggunakan Primer Babi

  Konsentrasi DNA daging sapi; DNA daging babi; DNA gelatin sapi; dan DNA gelatin babi yang digunakan dalam proses amplifikasimasing-masing adalah 8, 59 ng/μL; 8,0 ng/μL; 19,38 ng/μL; dan 13,63ng/μL. Hasil kurva amplifikasi pada gambar 4.9 menunjukkan metode analisa ini cukup spesifik untuk deteksi DNA babi yang ditandai dengan tidak terjadinya amplifikasi pada DNA daging sapi, gelatin sapi, danNTC.

BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN

  Analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan metode SYBR Green menghasilkan amplifikasi yang nonspesifik, sehingga metode ini kurang baik digunakan sebagai metode analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi khususnya pada produk yang mengandung gelatin. Analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan metode Hydrolysis Probe dapat mengamplifikasi DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi secara spesifik.

DAFTAR PUSTAKA

  Mengetahui volume primer dan probe yang diambil dari larutan primer dan probe 10μM dalam pembuatan master mix a)Rekomendasi konsentrasi untuk primer pada SYBR Green mastermix adalah 0.3- 1 μM (Roche), dipilih konsentrasi 0.5 μM untuk tiap primer. Perhitungan Tm ( Melting Temperature) Primer o o Rumus Tm = 2 C (A+T) + 4 C (G+C) Primer Sapi Primer Babi Primer sapi forward Primer babi forward o o o o Tm = 2 C (2+8) + 4 C (2+8) Tm = 2 C (6+5) + 4 C (4+7) o o = 60 C = 66 CPrimer sapi reverse Primer babi reverse o o o o Tm = 2 C (5+8) + 4 C (6+5) Tm = 2 C (8+7) + 4 C (6+3) oo = 70 C = 66 CTm rata-rata Primer sapi: Tm rata-rata Primer babi:Tm = (60 + 70) / 2 Tm = (66 + 66) / 2 o o = 65 C = 66 C oo Ta* = 60 C Ta* = 61 C o Lampiran 4.

2 O

  Hasil Kurva Amplifikasi dan Melting Peaks dengan Metode SYBR Green Menggunakan Primer Babi denganAnnealing 10 detik dan Waktu Extension 7 detik Waktu Lampiran 12. Hasil Kurva Amplifikasi dan Melting Peaks dengan Metode SYBR Green Menggunakan Primer Babi dengan Waktu Annealing 20 detik dan Waktu Extension 25 detik Lampiran 14.

Dokumen baru

Dokumen yang terkait

Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
2
78
88
Perbandingan Metode Kit Komersial dan SDS untuk Isolasi DNA Babi dan DNA Sapi dari Simulasi Cangkang Kapsul Keras untuk Deteksi Kehalalan Menggunakan Real-Time PCR (Polymerase Chain reaction)
2
11
82
Analisis Gelatin Sapi dan Gelatin babi pada Produk Cangkang Kapsul Keras Obat dan Vitamin Menggunakan FTIR dan KCKT
6
56
107
Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)
1
62
90
Analisis Cemaran Daging Babi Pada Kornet Sapi di Wilayah Ciputat dengan Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
2
12
72
Deteksi DNA Babi dan DNA Sapi dengan Menggunakan Metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
1
8
66
Deteksi DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi Pada Simulasi Gummy Vitamin C Menggunakan Real -Time PCR Untuk Analisis Kehalalan
1
11
70
Analisis Cemaran Daging Babi pada Produk Bakso Sapi yang Beredar di Wilayah Ciputat Menggunakan Real- Time Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan Metode Hydrolysis Probe.
1
47
86
Perbandingan antara metode SYBR green dan metode hydrolysis probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan menggunakan real time PCR
1
32
90
Amplifikasi DNA Leptospira dengan menggunakan metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
2
22
64
Analisis Gelatin Sapi dan Gelatin babi pada Produk Cangkang Kapsul Keras Obat dan Vitamin Menggunakan FTIR dan KCKT
3
20
107
Analisis Kandungan Gelatin Babi dan Gelatin Sapi pada Cangkang Kapsul Keras yang Mengandung Vitamin A Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction
0
12
80
Analisa Profil Protein Gelatin Sapi dan Gelatin Babi Gummy Vitamin C Menggunakan Metode SDSPAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis)
2
21
79
Perbandingan Metode SYBR Green dan Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan Babi Menggunakan Real Time PCR
0
0
8
Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis
0
0
15
Show more