Deteksi DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi Pada Simulasi Gummy Vitamin C Menggunakan Real -Time PCR Untuk Analisis Kehalalan

Gratis

1
11
70
3 years ago
Preview
Full text

HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS

Skripsi ini adalah hasil karya saya sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuktelah saya nyatakan dengan benar Nama NIM Tanda Tangan : Yanti Puspitaningrum: 1110102000043 : Tanggal : Januari 2015

KATA PENGANTAR

  Puji Syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya kepada penulis sehingga dapat menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsidengan judul Deteksi DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi Pada Simulasi Gummy Vitamin C Menggunakan Real -Time PCR Untuk Analisis Kehalalan Shalawat serta salam selalu tercurah kepada junjungan Nabi Muhammad SAW, keluarga, para sahabat, dan pengikutnya yang senantiasa istiqomah mengikutisunnah-Nya. Hasil kurva amplifikasi dengan primer babi dari sampel simulasi gummy hanya muncul pada gummy babi, gummypencampuran babi dengan konsentrasi 25%, 50% dan 75%.

DAFTAR SINGKATAN

BAB 1 PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Food supplement atau disebut sebagai makanan tambahan pada

  Hal ini telah banyak dilakukan seperti pemeriksaan daging babi dalam produk olahan (Walker et al, 2003) dan pengujian pencemaran daging babi pada Penelitian ini dilakukan berdasarkan beberapa permasalahan, di antaranya adalah masih banyak obat-obatan di Indonesia yang belummencantumkan label halal atau mendapatkan sertifikat halal dari lembaga yang berwenang. Sedangkanpemasaran gelatin di dunia didominasi oleh gelatin yang bersumber dari babi sehingga kemungkinan besar gelatin yang digunakan dalam pembuatan obatbentuk sediaan gummy adalah gelatin yang tidak halal (LPPOM MUI, 2013).

1.2. Rumusan Masalah 1

Bagaimana kondisi optimal pada proses isolasi DNA sehingga didapatkan isolat DNA ?

2. Apakah DNA gelatin babi dan gelatin sapi serta simulasi gummy vitamin

  C dapat teramplifikasi dengan alat real-time PCR ? Isolasi DNA dapat dilakukan pada produk gelatin 2.

1.4. Tujuan Penelitian 1

Menentukan kondisi optimal proses isolasi DNA dalam simulasi gummy vitamin C 2. Mendeteksi DNA gelatin babi dan gelatin sapi pada simulasi gummy vitamin C melalui amplifikasi DNA menggunakan real-time PCR

1.5. Manfaat Penelitian

Manfaat yang diharapkan dari penelitian ini adalah memberikan informasi tentang metode deteksi DNA pada gelatin babi dan gelatin sapiyang dibuat dalam simulasi gummy vitamin C dengan instrumen Real-Time PCR sehingga dapat dijadikan dasar penelitian selanjutnya pada sampel berbasis gelatin dalam produk obat di pasaran.

BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Gummy Candy Gummy Candy yaitu permen lunak yang diproses dengan

  penambahan komponen hidrokoloid seperti agar, gum, pektin, pati, karagenan, gelatin, dan lain-lain digunakan untuk modifikasi tekstur sehinggamenghasilkan produk yang kenyal, harus dicetak dan diproses aging sebelum pengemasan (SNI, 2008). Gelatin dalam industri gula tidak hanya digunakan untuk gel termoversibel, tetapi juga untuk pembentukan busa, busa yang dihasilkan untukmenstabilkan, mengikat, dan pengemulsi kualitas serta untuk mengontrol kristalisasi.

2.3. Gelatin

2.3.1. Definisi Gelatin

  Gelatin yang berasal dari prekusor yang diasamkan dikenal dengan gelatin tipe A dan yang berasal dari prekusor yangdibasakan dikenal sebagai gelatin tipe B (Farmakope IV,1995). Aplikasi gelatin dalam makanan maupun produk farmasi digunakan untuk memproduksi permen berbasis gelatin seperti gummy, emulsifier, thickener, dan aplikasi dalam farmasi seperti cangkang hard capsule dan soft capsul, mikroenkapsulasi dan lain sebagainya (GMIA, 2012).

2.3.2. Sifat Kimia dan Fisika Gelatin

  Larut dalam gliserin, larutan asam, larutan basa, dan air pada suhu di atas 40°C. Gelatin kering stabil denganudara berbeda dengan larutan gelatin yang stabil dalam penyimpanan lama Gelatin bersifat amfoter, yaitu dapat stabil dalam asam dan basa.

2.3.3. Sumber Gelatin

  Gelatin merupakan produk yang diperoleh dari bahan baku kolagen, sifat-sifat gelatin tergantung pada sumber dan jenis kolagen, biasanya kolagendiproduksi dari kulit dan tulang sapi, babi dan ikan (Wangtueai andNoomhorm, 2009). Hal yang dilakukan dalam pembuatan gelatin yaitu pemotongan bahan-bahan dan pencucian dengan air dingin selamabeberapa jam untuk menghilangkan lemak, kemudian penambahan larutan 2 asam seperti HCl atau H SO 4 pada pH 1-3 dengan suhu 15- 20°C hingga bahan tersebut terlihat membesar.

2.4. Sel

  Sebuah pusat pengontrol yang disebut inti atau nukleus (pada eukariot) atau nukleoid (pada prokariot) yang berisi DNA materi herediter(Alters,2000) Berdasarkan sitologi, organisme dapat dikategorikan menjadi dua kelompok, yaitu prokariotik dan eukariotik. Nukleotida- nukleotida dalam DNA dihubungkan satu dengan yang lainnya oleh ikatanfosfodiester, yaitu ikatan yang terjadi antara Carbon katida dari satu nukleotida terdiri dari sebuah gula pantosa (deoksiribosa), satu buah fosfatdan satu basa nitrogen.

2.5.1. Struktur DNA

  Gugus fosfat dan gula yang tersusun bergantian menjadi tulang punggung(backbone) molekul DNA sementara pada bagian dalam terdapat basa yang melekat pada molekul gula. Pada proses analisis atau proses yang berkaitan dengan DNA dibutuhkan proses isolasi dan purifikasi DNA yang mana DNA terbungkusdi dalam sel.

2.5.3. DNA Mitokondria

  Pada kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak pada awal dan akhir fragmenDNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus hidroksil bebas pada karbon 3’. Setelah kedua primer menempel pada DNA PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target danpemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikaalisis oleh DNA polimerase.

2.6.1. Komponen PCR

  Komponen-komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah fragmen DNA yang akan diamplifikasi (template DNA), sepasang primer,yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA template, dNTPs(Deoxynucleotide triphosphates), buffer PCR, magnesium klorida (MgCl 2 ) dan enzim polimerase DNA yang tahan panas (Taq polymerase). Akitivitas polimerisasi DNA dari ujung-‘5 ke ujunug-‘3, dan aktivitas enzimatik ini memiliki waktu paruh sekitar 40 menit pada suhu 95 º C.

2. Primer

  Merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA templat yang akan diperbanyak. Demikian juga dengan terjadinya mispriming pada daerahlain yang tidak dikehendaki, ini semua dapat menyebabkan spesifisitas primer menjadi rendah di samping itu konsentrasi primer menjadiberkurang.

5. DNA Template

  Fungsi DNA template di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama atau molekul DNAyang menjadi sekuen target yang akan diamplifikasi. Template DNA dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen DNAapapun asal di dalam DNA template tersebut mengandung fragmen DNA target yang dituju.

2.6.2. Tahapan PCR

  Penempelan PrimerPada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Primer yang telah menempel tadi akan mengalamiperpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan templat oleh DNA polimerase.

2.7. Real-Time PCR

  Penggunaan Real-time PCR memiliki beberapa keunggulan yaitu mampu menganalisis sampel dengan jumlah relatif sedikit, memiliki kemampuanuntuk menghasilkan data cepat dan akurat, dan mampu menganalisis lebih dari satu gen dalam satu waktu (Fraga et al., 2008). Peningkatanfluoresensi digambarkan dengan kurva yang terdiri dari tiga buah fasa yaitu fasa awal atau fasa inisiasi yaitu fase terjadi pada siklus pertama PCR dimanapancaran fluoresensi belum dapat dibedakan dari baseline, fasa eksponensial atau fasa puncak merupakan fase peningkatan eksponensial dalamfluoresensi sebelum fase plateau tercapai, dan fasa plateau atau fasa stabil yaitu tidak terjadi peningkatan fluoresensi yang diamati (Vaerman, 2004;Rodriguez, 2013).

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Halal Food and Drug Analysis, Laboratorium Penelitian II, dan Laboratorium MPR Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah, Jakarta. Waktu pelaksanaan dari bulan Januari 2014 hingga Desember 2014

3.2. Alat dan Bahan

  Alat Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah pisau steril, mikropipet ukuran 10μL, 200 μL, 1000 μL [BIO RAD], tips 10 μL, 100 μL, 1000 μL, tube dan mikro tube, high pure filtrationn tube [Roche], collection tube [Roche], Spektrofotometer Nano Drop [BioDrop], dan mesin real-time PCR [LightCycler® 480.0-Roche]. Alat gelas yang digunakan adalah gelas ukur, gelas beaker [Pyrex], batang pengaduk dan cawan penguap.

3.3. Tahapan Penelitian 1

  Isolasi DNA dari Daging, Gelatin, dan Gummy Simulasi 3. Analisis Konsentrasi dan Kemurnian Isolat DNA dengan Spektrofotometri DNA 4.

3.4.1. Pembuatan Simulasi Sapi

  Gelatin dan Sampel Simulasi Gummy Vitamin C (Roche , 2012; Erwanto et al., 2012;Sambrook et al, 2001 dengan modifikasi) Sebanyak 500 mg masing-masing gelatin sapi, gelatin babi dan sampel simulasi gummy vitamin C dimasukkan ke dalammicrotube,sampel simulasi gummy vitamin C dileburkan diatas penangas a 2. , 2012; Erwanto et al., 2012)Proses isolasi DNA (Roche Sebanyak 600 µ L sampel yang diambil dari campuran natrium asetat dan isopropanol dilarutkan dalam 200 uL Tissue Lysis Buffer dan 40 uLproteinase K kemudian diinkubasi pada suhu 55 °C selama 24 jam.

3.4.4. Amplifikasi

  Proses yang dilakukan pada amplifikasi DNA dengan Real Time PCR adalah sebagai berikut: Larutan induk primer dan probe dengan konsentrasi 100 μM dibuat dan dimasukkan ke dalam tube. Simulasi gummy vitamin C Pada penelitian ini dilakukan pembuatan simulasi gummy vitamin C yang terdiri dari simulasi gummy vitamin C sapi, simulasi gummy vitaminC babi, serta simulasi gummy vitamin C campuran sapi dan babi dengan persentase 1% babi, 25% babi, 50% babi, dan 75% babi.

4.3. Analisa Konsentrasi dan Kemurnian Isolat DNA dengan Spektrofotometer DNA

  Konsentrasi dan kemurnian Isolat DNA NO SAMPEL KONSENTRASI KEMURNIAN (A260/A280) ( ng/µL) 1 Daging sapi 36,54 1,923 2 Daging babi 46 1,804 3 Gelatin sapi 29,44 1,597 4 Gelatin babi 10,36 1,610 5 Gummy sapi 17,18 1,606 6 Gummy babi 18 1,645 7 Gummy campuran babi 1% 13,85 1,565 8 Gummy campuran babi 25% 10,23 1,588 9 Gummy campuran babi 50% 12,06 1,504 10 Gummy campuran babi 75% 30,13 1,638Analisa konsentrasi dan kemurnian DNA dilakukan dengan menggunakan spektrofotometer DNA. Nilai kemurnian DNA pada sampel gelatin sapi, gelatin babi, dan simulasi gummy vitamin C rendah disebabkan terdapatkontaminan protein dimana nilai kemurnian 1,5 memiliki perbandingan persentase protein dan asam nukleat yaitu sekitar 80% dan 20% selain haltersebut sebanyak 92% komposisi gelatin adalah protein maka dari itu dengan presentase protein yang besar memungkinkan terdapat sisa proteinyang tertinggal dalam isolat DNA (Sambrook et al, 2001; Schrieber, 2007).

4.4. Amplifikasi DNA Daging, Gelatin, dan Sampel Simulasi Gummy

  Proses deteksi dengan alat Real Time PCR membutuhkan sepasang primer spesifik dengan spesies DNA sapi dan DNA babi yang diidentifikasisecara in silico dengan website BLAST NCBI. Hasil Amplifikasi pada Uji Spesifitas Primer SapiMenggunakan Kontrol Positif Daging Sapi, Gelatin Sapi dan Simulasi Gummy Vitamin C Sapi DB = Daging Babi; GMS = Gummy Sapi; GMB = Gummy babi; NTC = No Template Control; dan CP = Crossing Point Seluruh sampel simulasi gummy vitamin C diuji dengan menggunakan primer sapi dan primer babi.

BAB 5 KESIMPULAN

  Kondisi optimal proses isolasi DNA dari gummy dan gelatin diperoleh melalui metode presipitasi DNA kombinasi natrium asetat dan isopropanoldengan perbandingan volume 1:1. Kurva amplifikasi real-time PCR menggunakan primer spesifik sapi menunjukkan bahwa kontrol positif daging sapi, gelatin sapi dan simulasigummy sapi teramplifikasi dengan nilai CP 18,27, 25,31, dan 25,49 sedangkan kontrol negatif tidak menunjukkan kurva amplifikasi.

2. Sebaiknya dilakukan uji kuantifikasi pada simulasi gummy untuk mengetahui konsentrasi DNA setelah teramplifikasi

  Ulas balik Peran DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hewan. Kerangka Konsep Pembuatan sampel gummy simulasi vitamin C dari gelatin babi dan gelatin sapi dan berbagai konsentrasi campuran gelatin babi1%,25%,50%,75% Isolasi DNA dari daging sapi,daging babi, gelatin babi, gelatin sapi, sampel simulasi gummy vitamin CAmplifikasi DNA dengan Real- Time PCR Analisa data kurva amplifikasi Real Time PCR Mengecek konsentrasi dan Kemurnian DNA denganSpektrofotometer biodrop DNA murniDNA tidak murni Isolat DNA Lampiran 2.

NO NAMA REAGEN KOMPOSISI

  Membuat Larutan Primer dan Probe dan Natrium Asetat 1. Membuat larutan primer dan probe konsentrasi 10 µM dari larutan induk 100 µMV1 .

2. Rekomendasi konsentrasi untuk primer (LightCycler ® 480) adalah 0.3-1

6 X =

  Rekomendasi konsentrasi untuk probe (LightCycler ® 480) adalah 0.05-1µM, dipilih konsentrasi 0.2 µM untuk tiap probeV1 . Membuat larutan natrium asetat konsentrasi 3M �� 3M = x� � ��x 8 , � �8 , gr =� 24,609 gr = Maka 24,609 gr Natrium Asetat dilarutkan dalam 100 mL aquadest Lampiran 4.

2. Primer babi

  Campuran Reaksi Mastermix untuk Amplifikasi DNA Tabel .7. Campuran reaksi Hydrolysis Probe mastermix Konsentrasi Larutan Induk Jumlah yang digunakanPrimer Forward 0.8 μM 10 μM 1.6 μL Primer Reverse 0.8 μM 10 μM 1.6 μLProbe 0.2 μM 10 μM 0.4 μLLightCycler® 480 1,4 μL - DNA template Total volume reaksi 20 μL Lampiran 6.

Dokumen baru

Dokumen yang terkait

Perbandingan Metode Kit Komersial dan SDS untuk Isolasi DNA Babi dan DNA Sapi dari Simulasi Cangkang Kapsul Keras untuk Deteksi Kehalalan Menggunakan Real-Time PCR (Polymerase Chain reaction)
2
12
82
Analisis Gelatin Sapi dan Gelatin babi pada Produk Cangkang Kapsul Keras Obat dan Vitamin Menggunakan FTIR dan KCKT
7
68
107
Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)
1
62
90
Analisis Cemaran Daging Babi Pada Kornet Sapi di Wilayah Ciputat dengan Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
2
14
72
Deteksi DNA Babi dan DNA Sapi dengan Menggunakan Metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)
1
9
66
Deteksi DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi Pada Simulasi Gummy Vitamin C Menggunakan Real -Time PCR Untuk Analisis Kehalalan
1
11
70
Analisis Gelatin Sapi dan Gelatin babi pada Produk Cangkang Kapsul Keras Obat dan Vitamin Menggunakan FTIR dan KCKT
4
22
107
Analisis Kandungan Gelatin Babi dan Gelatin Sapi pada Cangkang Kapsul Keras yang Mengandung Vitamin A Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction
0
12
80
Analisa Profil Protein Gelatin Sapi dan Gelatin Babi Gummy Vitamin C Menggunakan Metode SDSPAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis)
2
21
79
Rancang Bangun Alat Ukur Kelembaban Udara Berbasis Sensor Serat Optik Evanescent dengan Cladding Gelatin Tulang Sapi Menggunakan Transmisi Ethernet Shield
0
1
8
View of Simulasi dan Analisis Pengenalan Citra Daging Sapi dan Daging Babi dengan Metode GLCM
1
1
6
Amplifikasi DNA dengan teknik PCR
0
0
7
Perbandingan Metode SYBR Green dan Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan Babi Menggunakan Real Time PCR
0
0
8
Differentiation of Bovine and Porcine Gelatin Extracted from Vitamin C Gummy by Combination Method of Fourier Transform Infrared (FTIR) and Principal Component Analysis (PCA)
0
0
7
Deteksi Virus Hepatitis C Pada Komunitas Gigolo Surakarta Menggunakan Nested PCR yang Mengamplifikasi Sebagian Regio NS5B
0
0
42
Show more